Niniškės е село во околиската општина Molėtai, во округот Утенски, Литванија. Niniškės се наоѓа на 182 m надморска височина. Најблискиот голем град е Утена, на 20 km североисточно. Меѓу знаменитостите во околината се Molėtai Astronomical Observatory (5,6 km), Lithuanian Museum of Ethnocosmology (5,2 km) и Synagogue of Alanta (12,0 km).

Се среќава и како Niniškės.